Enemy Territory: Quake Wars aprensenta jogabilidade semelhante aos últimos jogos da franquia, com mais edição de veículos controláveis, aeronaves, mapas maiores e a opção de oponentes controlados pelo computador. Tendo lugar no ano de 2065, o jogo permite jogar como o GDF ou o Strogg em uma das cinco classes de personagens únicas, online ou offline, com colegas de equipe e adversários.
Empregando um arsenal de armas, veículos e armamentos implantáveis, participe de um teste de habilidade repleto de ação e coordene o trabalho em equipe através de uma série de objetivos de combate. O crescimento e conquistas de caráter persistente recompensam os jogadores pelo trabalho em equipe, enquanto objetivos de missão e classe claramente definidos guiam os novos jogadores a contribuições significativas no campo de batalha.