O jogo segue os dois protagonistas Alm e Celica, os dois tem um único propósito, acabar com a guerra, porém eles são separados e decidem acabar com a guerra de maneiras diferentes, Alm quer resolver na luta, batalhando mais para vencer a guerra de vez, enquanto Celica quer acabar com a guerra usando a forma Pacífica junto da orientação da deusa Mila.
Fire Emblem Echoes: Shadows of Valentia é um RPG tático em que os jogadores comandam dois exércitos em lados opostos de uma guerra no continente de Valentia. O Modo Casual permite que as unidades sejam revividas no final de uma batalha.