O jogo se passa em 1787, durante a Era Tenmei da história japonesa. Todo o país é assolado por um mal terrível e iminente. Fogo, ruína e fome corriam desenfreadas por todo o Japão. Shizuka Gozen, o espírito falecido de uma jovem que está possuída e presa em Yomi, Shizuka Gozen, ameaça destruir o Japão. Guerreiros de todo o Japão e além do oceano, guiados por suas próprias necessidades e desejos, convergem para investigar essas forças do mal e vencê-las.
Samurai Shodown mantém fidelidade às suas raízes, trazendo as batalhas intensas e eletrizantes pelas quais marcou gerações. Com um estilo moderno de mecânica usado no game, as lutas ganham vida, atingindo um nível de detalhe e qualidade gráfica nunca vista antes na série. Com seu incrível sistema de IA, o jogo aprenderá com as táticas dos jogadores e criará fantasmas para o jogador enfrentar, aprimorando todos seus movimentos de luta.