Song of the Deep é um jogo de ação-aventura estilo Metroid, retrata a busca de uma menina para encontrar seu pai desaparecido. Combinando descoberta, habilidade e suspense com uma narrativa inesquecível, esta viagem subaquática vai desafiar os jogadores a explorar, experimentar, e habilmente navegar em um oceano paisagista.
Merryn espera toda a noite que seu pai retorne de sua viagem de pesca. Depois de um sonho vívido mostrando seu pai preso sob o mar, Merryn está determinada a salvá-lo. Algumas áreas do jogo requerem que o jogador procure melhorias para que consiga ultrapassar os obstáculos e continuar a exploração.