Em vez de partir em busca de Zelda, desta vez Link recebe a missão de ajudar o Reino de Hytopia, que está sob ataque da Lady Maud. A bruxa é responsável por roubar todo o senso de estilo e moda da princesa Styla, maior ícone fashion do local. Apenas três Links unidos podem resolver o contratempo. O objetivo em Tri Force Heroes é explorar todas as áreas em equipe. Se o jogador estiver sozinho, ele precisa alternar o controle entre cada um dos personagens, por meio da tela de toque.
Os Links inativos ficam parados e não possuem qualquer inteligência artificial, o que torna a jogatina bem lenta. Com os aliados recrutados, é preciso escolher onde jogar. A campanha principal consiste em oito mundos divididos em várias dungeons. Cada mundo do jogo é representado por uma arena temática, com fases de gelo, lava e água. O usuário que levar a melhor na fase fatura um material valioso que pode ser usado na confecção de roupas.