Nesta aventura sombria, Link encontra-se na misteriosa terra de Termina, onde o mundo está prestes a ser destruído pela queda da lua em apenas três dias. Utilizando a Ocarina do Tempo, Link deve manipular o tempo, revivendo o ciclo de três dias para impedir a catástrofe iminente. O jogo introduz uma mecânica única de transformação através de máscaras, permitindo que Link assuma diferentes formas, cada uma com habilidades especiais.
A versão para Nintendo 3DS apresenta gráficos aprimorados, controles de movimento e uso do botão C Stick nos modelos compatíveis, além de melhorias na interface, como o uso da tela sensível ao toque para gerenciamento de itens e mapas. Essas atualizações proporcionam uma experiência mais fluida e acessível, mantendo a essência do título original.